Berndt Johan Aminoff föddes i Narva 16.3.1697. Under det stora nordiska kriget då ryssarna anföll Ingermanland deltog både hans mor Elisabeth von Konow och hans syskon liksom resten av ättens kvinnor och barn i flykten från området. Berndt Johan blev emellertid kvarlämnad i Narva, högst antagligen i sin morbrors, Adolf Berndt von Konows, vård. Denne blev dock tillfångatagen av ryssarna under ett utfall från Narva 9.6.1704.
Efter att Narva fallit i ryssarnas våld 10.8.1704 togs även Bernt Johan till fånga och skickades till Moskva. Då var han sju år gammal. Där blev han omhändertagen av furst Repnin, döptes om till den grekisk-katolska läran och uppfostrades tillsammans med furstens söner. I Moskva kom Berndt Johan emellertid att träffa sin far, Gregori Aminoff, som hade blivit fången vid Perevolotnaja 1709. Denne såg till att sonen i hemlighet undervisades i den lutherska läran.
Berndt Johan inledde sin karriär inom den ryska armén som page år 1711. Då följde han med tsar Peter till floden Pruth och staden Husi, där den ryska armén omringats av turkarna. Freden i det så kallade Rysk-turkiska kriget (1710-1711) slöts senare samma år. Två år senare följde han sedan den ryska armén till Pommern, denna gång som adjutant. År 1717 följde han med armén till Ungern. Där kom han att skadas två gånger, första gången av en pil, och andra gången i en så kallad ”enskilt combatte” med en turkisk officer, som inte kom levande ur den striden. På vägen tillbaka till Ryssland tog han en omväg via Danmark, där han sedan började tjänstgöra vid det danska livgardet, tills han var tvungen att rymma iväg från en duell. Han anlände till Riga år 1718. Tack vare en rekommendation av samma furst Repinin som tagit hand om honom i Moskva, blev han befordrad till löjtnant vid ett ryskt regemente.
I september år 1721 slöts freden mellan Ryssland och Sverige i Nystad. Till skillnad från de flesta andra svenska krigsfångar fick inte tillåtelse att återvända till Sverige, eftersom han blivit naturaliserad rysk undersåte. År 1723 avvek han emellertid för andra gången, tog sig via Polen och Preussen till Stralsund och slutligen till Stockholm, där han avsade sig den grekiska religionen. 18.5.1725 blev Berndt Johan fältväbel vid Nylands infanteriregemente och Karis kompani. Han tilldelades Gumnäs-Odnäs militieboställe i Pojo, där han bodde ända till 11.08.1735, då han fick avsked med löjtnantens rang.
År 1743, under den s.k. ”Lilla ofreden” (1742-1743), då Finland var under rysk ockupation, deltog Berndt Johan i en upprorsplan mot den ryska ockupationsmakten, tillsammans med bland annat sin yngre bror Carl Gustaf och K.M. von Numers, som var planens aktivaste medlemmar. Dessa planer övergavs emellertid eftersom fredsförhandlingarna mellan Sverige och Ryssland redan i juni 1743 ledde till positiva resultat. Freden mellan Sverige och Ryssland slöts sedan i början av augusti samma år.
Berndt Johan var gift två gånger. Sitt första äktenskap ingick han antingen år 1725 eller 1726 med Christina Catharina Körning. Hon avled år 1736 på Rilax. Rilax säteri hade hon ärft efter sin far år 1726. Berndt Johan hade övertagit skötseln år 1730, men avstod från alla sina anspråk för säteriet till fömån för deras son Fredrik. År 1737 ingick Berndt Johan sitt andra äktenskap med Anna Elisabeth Giös.
Berndt Johan ägde bland annat Gammelby i Kimito socken. Det var också här han sedan till slut avled 28.3.1779, 82 år gammal.